Die Arbeit von Frieder Bernius findet weltweit große Anerkennung. Als Dirigent wie als Lehrer ist er international gefragt. Seine künstlerischen Partner sind vor allem der Kammerchor Stuttgart, das Barockorchester Stuttgart, die Hofkapelle Stuttgart und die Klassische Philharmonie Stuttgart. Den Grundstein für seine außergewöhnliche Karriere legte 1968 die Gründung des Kammerchors Stuttgart, den er bald zu einem der führenden Ensembles seiner Art machte. Die Gründung des Barockorchesters Stuttgart und der Klassischen Philharmonie Stuttgart 1991 dokumentiert die stilistische Vielseitigkeit des Dirigenten Frieder Bernius: während sich das Barockorchester auf historischen Instrumenten der Musik des 18. Jahrhunderts widmet, spielt die Klassische Philharmonie auf modernem Instrumentarium Werke des 19. bis 21. Jahrhunderts. Die 2006 ins Leben gerufene Hofkapelle Stuttgart schließlich ist ein Spezialensemble für die Musik des frühen 19. Jahrhunderts. Ob Vokalwerke von Monteverdi, Bach, Händel, Mozart, Beethoven, Fauré und Ligeti, Schauspielmusiken von Mendelssohn oder Sinfonien von Haydn, Burgmüller und Schubert – stets zielt die Arbeit von Frieder Bernius auf einen am Originalklangideal orientierten, zugleich unverwechselbar persönlichen Ton. Wiederentdeckungen von Opern des 18. Jahrhunderts widmet er sich ebenso wie Uraufführungen zeitgenössischer Kompositionen. Ein besonderes Interesse gilt der südwestdeutschen Musikgeschichte.

Konzertreisen führten ihn zu allen wichtigen internationalen Festivals. Mehrere Male leitete er den Weltjugendchor, viermal gastierte er bei den Weltsymposien für Chormusik und arbeitet ständig mit den nationalen Jugendchören der Schweiz, Frankreichs und Italiens. Als Gastdirigent hat er u.a. mit der Deutschen Kammerphilharmonie Bremen, dem London Philharmonic Orchestra und dem Stuttgarter Kammerorchester zusammen gearbeitet. Seit 1999 ist er der Streicherakademie Bozen eng verbunden, von 2000 bis 2004 kooperierte er im Rahmen des ChorWerk Ruhr mit der Ruhrtriennale. Seit 1998 ist Frieder Bernius Honorarprofessor der Musikhochschule Mannheim. 1987 rief Bernius die Internationalen Festtage Alter Musik Stuttgart ins Leben (seit 2004 unter dem Namen Festival Stuttgart Barock), die die Landeshauptstadt mit einem Schlag zu einem Zentrum der historisch informierten Aufführungspraxis und zu einem Ort vielbeachteter Wiederentdeckungen vergessener musikalischer Schätze machten. Frieder Bernius’ Arbeit ist vielfach auf Schallplatte und CD dokumentiert. Rund 80 Einspielungen hat er bislang vorgelegt, die mit 30 internationalen Schallplattenpreisen ausgezeichnet wurden. Zum Mendelssohn-Jahr 2009 konnte er die zwölfteilige Gesamteinspielung des geistlichen Vokalwerks Mendelssohns abschließen. 1993 wurde Frieder Bernius für seine Verdienste um das deutsche Musikleben das Bundesverdienstkreuz am Bande verliehen, 2001 der Robert-Edler-Preis für Chormusik. 2002 wurde er mit der Verdienstmedaille des Landes Baden-Württemberg ausgezeichnet, 2004 erhielt er den Preis der Europäischen Kirchenmusik Schwäbisch Gmünd und im Juni 2009 die Bach-Medaille der Stadt Leipzig.